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Même si la vaccination contre la fièvre jaune n'est pas (encore) obligatoire pour les voyageurs arrivant directement d'Europe ou des Etats-Unis, la multiplication des foyers de la maladie dans de nombreuses régions du pays et des pays voisins, et pas seulement dans les régions amazoniennes, justifie, dès maintenant, de la recommander à tous, hors rares contre-indications décidées par le Centre de vaccinations internationales.
Sa validité est maintenant prolongée « à vie » (mention qui doit être notée sur le carnet international, quelle qu'ait été la date de la vaccination). Elle peut, en outre, être exigée à la sortie du pays, pour les voyageurs prolongeant leur périple dans les autres pays d'Amérique du Sud, d'Amérique centrale et de toute la zone Caraïbe.

Les vaccinations habituelles devront être faites contre la diphtérie, le tétanos, la poliomyélite, les hépatites A et B, la coqueluche (dont la réapparition chez les adultes, même en France, justifie la vaccination pour tout voyage), rougeole pour les enfants. Et éventuellement, la typhoïde et la rage.

Il est présent toute l'année dans tout le bassin amazonien. Le voyageur devra adopter des mesures de protection d'abord individuelles, qui le protégeront aussi contre d'autres insectes, vecteurs d'autres maladies (fièvre jaune, dengue, virus Zika...) : répulsifs cutanés et vestimentaires actifs, port de vêtements couvrants, moustiquaires imprégnées. Pour les voyages en Amazonie, la protection médicamenteuse sera assurée par la prise d'Atovaquone-Proguanil (Malarone ou un de ses génériques) ou de Doxycycline (compte tenu du risque d'effets indésirables, la prescription de méfloquine (Lariam) ne sera proposée aux voyageurs qu'en cas de bonne tolérance lors de voyages antérieurs ou de contre-indication aux autres médicaments actifs), non indispensable dans le reste du pays, bien que le paludisme soit présent mais sous une forme bénigne dans plusieurs régions de l'ouest du pays au dessous de 1500 mètres.

Vous y échapperez en observant les conseils que nous vous avons donnés quant aux problèmes alimentaires, environnementaux ou comportementaux. Insistons ici, sur le risque de maladies sexuellement transmissibles. En ville vous pourrez être confrontés à la petite (ou à la grande) délinquance souvent liée aux problèmes de drogue. L' "andinisme", version locale de l'alpinisme, va confronter le voyageur à des altitudes inhabituelles, et l'exposer aux risques de la haute montagne qui ont été exposés dans nos recommandations générales. En particulier, l'arrivée par avion à Quito (2800 mètres) ou les treks dans la Cordillère des Andes peuvent être mal supportés par le voyageur sujet au mal des montagnes.

Virus Zika : transmise par le même moustique que la dengue et le chikungunya, la maladie n'était pas considérée comme grave (fièvre, éruption cutanée, douleurs articulaires, guérissant en une huitaine de jours) jusqu'à l'apparition, lors de l'épidémie sévissant au Brésil, de lourdes complications neurologiques chez des nouveau-nés de mères ayant été en contact avec le virus Zika. Le risque de microcéphalies, source de lourds handicaps pour l'enfant, nous conduit, en accord avec les recommandations que vient de publier le Haut Conseil de Santé Publique, à conseiller aux femmes enceintes, en particulier en début de grossesse, de consulter leur médecin pour valider le projet de voyage.

Pour les étrangers, l’accès aux soins n’est possible que s’ils ont souscrit avant leur départ, un contrat d’assistance-assurance (ce qui les dispensera d’un dépôt de provision sur carte de crédit). A compter du 1er mai 2018, la loi relative à la mobilité humaine rend cette assurance médicale OBLIGATOIRE pour tous les touristes étrangers entrant sur le territoire équatorien. Il est conseillé de contacter la compagnie d’assurances afin de se procurer le document attestant du contrat en cours à présenter lors de l’arrivée dans le pays.